Молодой музыкант по имени Кубо спокойной живёт в небольшом прибрежном городке. Но однажды дух из прошлого, жаждущий мести, нарушает его безмятежную жизнь. Теперь юноше предстоит открыть в себе новые способности, о которых он и не догадывался. Со временем он всё больше узнаёт историю своего происхождения и понимает, что он похож на своего покойного отца, которого он ни разу не встречал, известного воина-самурая, погибшего в битве со злом.